Das Kloster entwickelt sich zu einem der bedeutendsten im Halberstädter Bistum, wird jedoch auch mehr als andere Klöster in die Auseinandersetzungen zwischen Kirche und Reich hinein gezogen. Streitigkeiten mit den eigenen Vögten und den Grafen von Wernigerode und ihren Nachfolgern, den Grafen zu Stolberg, kommen hinzu. Durch Ansiedlung ehemaliger Burghöriger und durch Zuzug aus wüst werdenden Siedlungen der Umgebung entsteht trotz dieser Unruhen das vom Kloster abhängige Dorf Ilsenburg.